WiiU、3DS、共にソフトの差し替えが面倒なのでダウンロード版を主として購入しています。
誰しも思うことに、本体やハードディスクが壊れた場合、ダウンロードしたソフトはどうなっちゃうの？って疑問。
ネットではあきらめるしかないとか、再ダウンロード可能とか情報が交錯していたので直接任天堂に問い合わせました。

任天堂様からいただいた回答の一部抜擢

ニンテンドーeショップよりダウンロードされたソフトは、
登録されたニンテンドーネットワークIDで管理されます。

ニンテンドーネットワークIDを別の本体でご利用いただきたい場合、
「ソフトとデータの引っ越し」を行なっていただく必要がございます。

但し、どちらかの本体が故障し操作が出来ない場合、
「ソフトとデータの引っ越し」を行うことはできません。
その場合、本体の検査・修理をご案内させていただいております。

「ソフトとデータの引っ越し」を行うことなく、
ダウンロードされたソフトを別の本体でご利用いただくことは出来ません。

万が一本体が故障した場合は、再度ご連絡いただければと存じます。

本体の修理を行なわせていただく際は、ニンテンドーeショップの
ご利用履歴（ダウンロードされたソフトや残高）は
残すよう対応させていただいております。
修理後も、ダウンロードされたソフトのご利用は可能でございます。

本体とネットワークIDは紐付けされています。
もうひとつ

■弊社での引っ越し作業

対応が可能か確認させていただき、可能であれば、
引っ越し元と引っ越し先の本体をお送りいただいた上、
弊社にて引っ越し作業を行わせていただいております。

しかしながら、その場合は、お客様のお手元で行っていただく、
通常の「ソフトとデータの引っ越し」作業とは異なりますため、
引っ越し元・引っ越し先どちらも、本体に保存されているデータや、
ＵＳＢ記録メディア内のデータを引き続きご利用いただくことは
できませんので、あらかじめご了承くださいますよう
お願いいたします。

引っ越し作業を行うにあたって、費用をご負担いただく事は
ございませんが、弊社へご送付いただく際の送料につきましては、
元払いにて発送くださいますようお願い申し上げます。
（返送時の送料は弊社負担となります。）

本体がBIOS起動不可な状態では自身で引っ越しは不可能です。
任天堂へ修理に出して返却されてから引っ越しという作業になりますが、修理を望まない場合、すなわち新品のWiiUを購入しちゃってそっちを使いたい場合は任天堂さんに故障したWiiUと新品のWiiUを送り、独自の引っ越し作業をしてもらい、その際に費用の発生はないとのことです。（片道郵送費のみの負担）

要約すると

• 燃えて跡形もなくなった
• 盗まれてしまった

そういうケースで無い限り再ダウンロード可能ですという解釈でよろしいんじゃないでしょうか。
安心してダウンロード版を購入していいと思います。