MB_TOPMOST フラグを使用すると、メッセージボックスをシステムの最前面に表示することができます。これにより、他のアプリケーションのウィンドウに対しても最前面にメッセージボックスを表示することができます。

MessageBox(_T("This is a message box."), _T("Title"), MB_OK | MB_TOPMOST);

ただし、細かいZオーダー制御やカスタマイズを求める場合、独自のダイアログボックスを実装することを検討すると良いでしょう。