人口28万人が暮らす都市・三門市に、ある日突然異次元への「門(ゲート)」が出現。門から現れた異世界の侵略者「近界民(ネイバー)」に襲撃され、街は戦火をうける。しかし、その場は界境防衛機関「ボーダー」によって救われた。近界民には、生体エネルギー「トリオン」の力で稼動する近界民が生んだ技術「トリガー」が唯一の対抗手段であり、ボーダーの主な武器となっている。そして約4年後の現在も、人々はボーダーに守られ日常を送る。ボーダー隊員・三雲修は、近界民・空閑遊真と運命的な出会いを果たす。修の勧めで遊真はボーダーに入隊し、二人は行動を共にする。