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Dr Ajay SUBBAROYAN donnera un séminaire jeudi 18 juillet 2024 à 11h00 dans la salle rouge du bâtiment Enseignement : « Leveraging developmental landscapes for model selection in Boolean gene regulatory networks »  Venez nombreux ! Invitation : Olivier MARTIN

La voie systémique « Compact Root Architecture 2 » permet l’accumulation des cytokinines et du miR399 dans des plantes de Medicago truncatula satisfaites en N Les plantes utilisent une combinaison de voies locales et systémiques sophistiquées pour optimiser leur croissance en fonction de la disponibilité hétérogène des nutriments dans le sol. Les légumineuses peuvent acquérir de l’azote minéral (N) soit par leurs racines, soit via une interaction symbiotique avec des bactéries rhizobia fixatrices d’azote hébergées dans des nodosités racinaires. Dans un article récemment publié dans le « Journal of Experimental Botany », en collaboration avec Marc Lepetit (Montpellier) and Wouter Kohlen (Wageningen, The Netherlands), l'équipe de Florian Frugier s'est intéressée à identifier les signaux systémiques agissant des parties aériennes vers les racines chez les plantes de Medicago truncatula en réponse à un déficit ou à une satiété en N. Dans ce but, les plantes ont été cultivées dans un système expérimental de « split-root », dans lequel une quantité élevée ou faible de N est fournie à la moitié du système racinaire, permettant ainsi l'analyse des voies systémiques indépendamment de la réponse locale en N. Parmi les familles d’hormones végétales analysées, la cytokinine trans-Zéatine s’accumule dans les plantes en satiété N. L'application localisée de cytokinine via un pétiole conduit à une inhibition à la fois de la croissance des racines et de la nodulation. De plus, une analyse exhaustive des miARNs a révélé que miR2111 s'accumule de manière systémique sous déficit en N à la fois dans les parties aériennes et dans les racines distantes non-traitées, alors qu'un miARN lié à l'acquisition de phosphate inorganique (Pi), le miR399, s’accumule dans les plantes cultivées en satiété en N. Ces deux profils d'accumulation dépendent de CRA2 (« Compact Root Architecture 2 »), un récepteur requis pour la signalisation des peptides CEP (« C-terminally Encoded Peptide »). L'expression ectopique constitutive du miR399 réduit le nombre de nodosités et la biomasse des racines en fonction de la disponibilité du Pi, ce qui suggère que le module de régulation de l'acquisition du Pi dépendant du miR399, contrôlé par la disponibilité en N, affecte le développement de l'ensemble du système racinaire des légumineuses. https://lnkd.in/eDR7Buk7

UN SCIENTIFIQUE INVITÉ À IPS2 : DR SALONI MATHUR Le groupe « ARN non codants régulateurs et plasticité racianire» de l’IPS2 est heureux d’accueillir le Dr Saloni Mathur de l’Institut national de recherche sur les génomes végétaux de New Delhi, en Inde, pour deux mois. Le Dr Mathur est le chef d'une équipe travaillant sur les mécanismes moléculaires de la tolérance au stress thermique, plus particulièrement pour élucider les réseaux complexes de régulation médiés par des ARN non-codants chez la tomate, une plante cultivée présentant une sensibilité élevée à la température à différentes étapes de sa croissance. En utilisant des données à haut-débit sur les microARN, les ARNm, et les longs ARN non-codants lors de différents régimes de stress thermique dans des variétés de tomates tolérantes et sensibles du sous-continent indien, son laboratoire a identifié des régulateurs moléculaires qui ont été fonctionnellement validés pour la thermotolérance chez la tomate. Elle collabore également activement avec le groupe du Dr Martin Crespi à l'IPS2 en relation avec les miARN d’Arabidopsis thaliana, et sa visite à l'IPS2 se concentrera sur l’étude des ARN non-codants interagissant avec les facteurs de transcription NF-YA chez la tomate/Arabidopsis, afin d’établir les bases de futures collaborations. https://lnkd.in/e37Bbqae

Seminar by Dr. Sayuri TSUKAHARA, July 15th at 11:00 am in the Amphitéâtre of the education building: Centrophilic integration of Arabidopsis LTR retrotransposon is mediated by targeting to CENH3 chromatin. You are all welcome !

L'insertion d'un transposon Harbinger dans un gène de signalisation de l'éthylène conduit à l'émergence de nouvelles formes sexuelles chez les cucurbitacées. Dans une étude récente publiée dans la revue Nature Communications, l’équipe FloCad (IPS2) a exploré comment de nouveaux types sexuels émergent chez les plantes. En utilisant le melon comme plante modèle, ils ont identifié un mutant spontané présentant une transition sexuelle de l'andromonoecie (fleurs mâles et hermaphrodites) à l'androécie (fleurs mâles uniquement). Ils ont découvert que la mutation causale était un transposon de type Harbinger altérant l'expression du gène Ethylene Insensitive 2 (CmEIN2). L'analyse génétique et transcriptomique a révélé que CmEIN2 joue un double rôle dans la détermination du sexe et le développement des fruits. Au cours des stades précoces du développement floral, EIN2 contrôle l'expression du gène inhibiteur du carpelle, CmWIP1. Par la suite, EIN2 est recruté pour médier l'inhibition des étamines. Après la phase de détermination du sexe, EIN2 favorise le développement allongé des fruits. Une analyse à l'échelle du génome a montré que la mobilisation du transposon causal est déclenchée par le stress thermique et qu'il s'intègre préférentiellement dans la chromatine active, en particulier dans les régions promotrices des gènes. La caractérisation d'une collection de ressources génétiques a par la suite montré que le transposon causal est plus actif chez les melons sauvages. Cette étude met en évidence l'association entre la dynamique de la chromatine et les aspects temporels des insertions d'éléments génétiques mobiles, fournissant ainsi des informations précieuses sur l'adaptation des plantes et l'évolution du génome des plantes cultivées.

La dynamique de la chromatine et le métabolisme des acides nucléiques : des armes à double-tranchant pour le maintien de l’intégrité du génome: Dans un article de synthèse, publié dans la revue Nature Plants, l’équipe Dynamique des Chromosomes (IPS2) résume nos connaissances actuelles concernant l’influence du métabolisme des acides nucléiques et de la dynamique de la chromatine sur le maintien de l’intégrité du génome. Les mécanismes impliqués dans la détection et la réparation des dommages de l’ADN chez les plantes suscitent un intérêt croissant, mais sont principalement étudiés en réponse aux traitements génotoxiques. Ainsi, la totalité des revues disponibles sur le sujet porte sur les processus enclenchés en réponse aux dommages de l’ADN, mais très peu sur leur origine dans des conditions physiologiques, ou sur l’impact des modifications de la chromatine sur leur réparation. Pourtant, la principale source de lésions de l'ADN est l'activité cellulaire elle-même, et notamment le métabolisme des acides nucléiques. De plus, l’organisation de la chromatine influence fortement aussi bien la formation des dommages de l’ADN que leur réparation, notamment en ciblant de manière préférentielle les activités de réparation sur les régions codantes du génome. Au final, ce sont ces relations complexes qui façonnent la distribution des mutations le long du génome.

Dr Saloni Mathur donnera un séminaire jeudi 06 juin 2024 à 11h00 dans la salle rouge du bâtiment Enseignement : " HSF-microRNA interactions : heat stress and beyond "

Un nouveau Maître de conférences en biologie végétale de l’Université Paris-Cité recruté à l’IPS2   Sophie Piquerez est Maître de Conférences à Université Paris Cité depuis septembre 2023 et a rejoint l’équipe Dynamique des Chromosomes de l’IPS2 (Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay) afin de mieux comprendre le lien entre l’organisation tridimensionnelle de la chromatine et la régulation de l’expression des gènes chez les plantes.   Sophie a toujours été passionnée par l’interaction des plantes avec leur environnement et son parcours reflète son appétence pour déchiffrer les signaux que les plantes perçoivent. Lors de son doctorat au sein du Sainsbury Laboratory (Norwich, Royaume-Uni, 2008-2012) sous la direction du Prof J.D.G. Jones, elle a étudié l’interaction moléculaire entre divers pathogènes (bactériens ou oomycètes) et leur plante hôte (Arabidopsis thaliana) lors de l’infection. Par la suite, Sophie a continué à développer de nouvelles compétences à l’Université de Warwick (School of Life Sciences, 2013-2016) dans l’équipe du Dr Vardis Ntoukakis, puis à Université Paris-Saclay au sein de l’IPS2 (2017-2020) dans les équipes des Pr Moussa Benhamed et Dr Abdelhafid Bendahmane et finalement à l’I2BC avec le Dr Chloé Girard (2021-2023). Ses thématiques de recherche se focalisent sur l’étude des plantes et incluent des approches de génétique et d’analyses -omiques.   Aujourd’hui, en tant que membre de l’équipe Dynamique des Chromosomes, Sophie s’intéresse à la relation entre la dynamique de la chromatine et la réponse des plantes à l’environnement. Forte de ses diverses expériences passées et de son engagement auprès des étudiants, Sophie fait partie intégrante de l’équipe pédagogique du domaine Sciences du Végétal à Université Paris Cité.   « Ne rien prévoir sinon l’imprévisible, ne rien attendre sinon l’inattendu. » Christian Bobin

Thèses soutenues à l'IPS2 début 2024 Simon GOSSET Annotation fonctionnelle du protéome d’Arabidopsis thaliana via l’analyse et la prédiction de son interactome Date de soutenance : 2 février 2024 Encadrante : Marie-Hélène Mucchielli Giorgi (IPS2, Saclay) -------------------------------------------- Adrien JUGAN  Les couverts végétaux : un levier de façonnement des communautés microbiennes du sol ? Date de soutenance : 13 Février 2024 Co-encadrants : Dr. P. Ratet (IPS2-Saclay), Dr. N. Harzic (Cerience) et Dr. S. Mondy (INRAE, Dijon) ------------------------------------------------------------------ Andana BARRIOS Les ARNs longs non-codants : ont-ils un rôle dans la modulation de l’activité de facteurs de transcription partenaires chez Arabidopsis thaliana ? Date de soutenance : 4 avril 2024 Co-encadrants : Federico Ariel (IAL, Argentine) et Martin Crespi (IPS2, Saclay) https://lnkd.in/eAAYzmV2